Sinopse: Na colônia marciana Fourth Tokyo fica uma sala de aula das mentes mais brilhantes da Kirishina Corporation, liderando o desenvolvimento aeroespacial: A-TEC, liderada pelo engenheiro genial Kaito Sera, antecipando ansiosamente a chegada de seu mais novo membro. Logo fica claro, no entanto, que o aluno transferido não é comum - Nagisa Kiryuu, recém nomeada chefe da A-TEC e irmão mais novo do CEO da empresa, é enviada para encerrar o programa. Para manter a sala de aula viva, Kaito e seus alunos trabalham desesperadamente para desenvolver um sucessor do seu foguete mais poderoso, o X-2; Enquanto isso, Nagisa sobe a escada corporativa em busca de sua própria missão. Apesar disso, suas batalhas separadas logo revelam que muito mais está acontecendo na Kirishina Corporation do que aparenta. Sala de aula ☆ Crisis segue Kaito e Nagisa, assim como a irmã mais nova de Kaito, Mizuki, e o piloto de testes da A-TEC, Iris Shirasaki, em uma história de intrigas, guerra política e, contra todas as probabilidades, romance. À medida que Nagisa e A-TEC são arrastadas cada vez mais para as conspirações da Kirishina Corporation, as amizades crescem e o passado é revelado enquanto eles lutam para evitar a crise na sala de aula.
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