Sinopse: Em um dia ensolarado de julho, no 41º ano da Era Shinka, Jirou Hitoyoshi é encarregado de escutar secretamente uma reunião secreta entre um cientista do governo e um espião industrial. No entanto, sua cobertura é destruída, e o espião se revela um alienígena disfarçado. Em meio ao caos que se seguiu, Jirou pede a ajuda da garçonete do café e da garota mágica Kikko Hoshino, um dos muitos "super-humanos" que se misturam à sociedade e protegem secretamente a humanidade de ameaças extraterrestres. Como membro da agência governamental conhecida como Laboratório de Pesquisa de Super População, Jirou tem a dupla tarefa de proteger os super-humanos que defendem a humanidade e descartam qualquer coisa considerada perigosa demais para se viver. Tendo provado ser um aliado digno, Kikko é convidada a ingressar na agência como seu mais novo recruta.
Avanço rápido de cinco anos: a desaprovação e a aversão a super-humanos agora são comuns em Tóquio. Da corrupção do governo e idéias conflitantes de justiça, à moralidade dos direitos sobre-humanos, o relacionamento entre os seres humanos e a minoria sobrenatural se equilibra precariamente em um mundo permeado por sussurros de inquietação e desconforto. Sob circunstâncias misteriosas, Jirou traiu a agência e agora é um fugitivo em fuga. Enquanto ele se esconde nas ruelas chuvosas de Shinjuku, ele é perseguido pelos mesmos super-humanos que ele próprio recrutou.