Sinopse: Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi ocorre um ano após a derrota de Bagramon e companhia. Desde então, Taiki Kudou e Yuu Amano formaram um time de basquete com o colega de classe de Yuu, Tagiru Akashi. Um dia, Tagiru descobre uma área estranha chamada DigiQuartz, um reino estranho e instável que existe entre os mundos humano e digital. Ele então percebe que crianças de todo o mundo obtiveram Carregadores Xros, bem como parceiros Digimon, para participar de uma competição chamada 'Caça Digimon'.
Os digimons que vagam do mundo digital para o DigiQuartz são capazes de se alimentar das emoções negativas que vazam do mundo humano. Isso torna o Digimon mais forte ao custo de ser extremamente violento. Como resultado, os Digimon Hunters devem trabalhar para impedir que estes Digimon causem estragos no mundo humano. Acompanhado pelo encrenqueiro Gumdramon, Tagiru pretende se tornar o melhor Caçador de Digimon, o tempo todo sem saber das conexões Digimon anteriores de Taiki e Yuu. No entanto, uma força sinistra se esconde com a criação do DigiQuartz, e os jovens Hunters logo perceberão que a Caçada Digimon é muito mais do que um simples jogo ...
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