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Sinopse: Vinte anos antes do começo da história, um asteróide se dirigiu para a Terra destrói Plutão. Devido à destruição de Plutão, o asteróide, que é apelidado de Thanatos, torna-se temporariamente estagnada. Agora, a fim de evitar a destruição iminente da Terra, a Agência de Desenvolvimento Internacional Solarsystem (ISDA) trabalha com o "D-Project", e cria a "Dragonaut" depois de encontrar um ovo de dragão sob o oceano. Objetivo principal deste arma é destruir o asteróide, quando chegar a hora. No entanto, eles logo descobrem que o asteróide não é a única ameaça, como poderosos dragão-como criaturas, que são inclinadas à destruição, aparecer na Terra. Depois de testemunhar um assassinato por uma das criaturas, Jin Kamishina, um solitário de 18 anos menino de idade, que perdeu sua família em um acidente de ônibus, há dois anos, se envolve nos mistérios dos dragões e se torna o piloto escolhido do Dragonaut. Ajudá-lo em sua jornada é Toa, uma garota misteriosa que o salva de cair para a morte depois que a criatura ataca. À medida que se aprofundar nos mistérios dos dragões, eles encontram novos amigos e inimigos, e também começar a desenvolver um relacionamento mais próximo.
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