Sinopse: Em 2015, a Organização de Segurança da Chaldea recorre a especialistas dos campos mágico e mundano para observar o futuro da humanidade em busca de possíveis eventos de extinção. A sobrevivência da humanidade parece garantida para o próximo século - até que o veredicto mude repentinamente, e agora a erradicação da espécie aguarde no final de 2016. A causa é desconhecida, mas parece estar ligada à cidade japonesa de Fuyuki e aos eventos de 2004 durante a Quinta Guerra do Santo Graal.
Em resposta, a Caldéia utiliza um meio experimental de viagem no tempo, a tecnologia Rayshift. Com ele, Ritsuka Fujimaru, um jovem recém-recrutado para a organização, e a misteriosa garota Mash Kyrielight, podem viajar até 2004 e descobrir como salvar a humanidade. Uma grande ordem para combater o destino foi declarada - uma ordem para mudar o passado e restaurar o futuro.