Sinopse: Outro verão adorável se passa para Illyasviel von Einzbern. Fazendo uma pausa em seus deveres mágicos de menina, ela aproveita seu tempo livre depois de coletar os Cartões de Classe com sua melhor amiga Miyu Edelfelt.
No entanto, sua pausa chega a um fim abrupto quando ela e Miyu são sequestradas por Rin Toosaka e Luviagelita Edelfelt, enquanto saem com suas amigas. As garotas mágicas aprendem que seu trabalho está longe de terminar, como a Torre do Relógio as informa que a mana fora de controle que se pensa ter sido selada continua a se dispersar por toda a cidade de Fuyuki. Depois de irem para o ponto de origem da mana fora de controle, Illya e Miyu têm a tarefa de resolver a anomalia.
Mas depois de lançar seu feitiço, Illyasviel descobre que ela está dividida em duas pessoas! Enquanto essa nova forma misteriosa começa, ela só pode se perguntar: o que há da existência de seu dopplegänger, correndo maluco na cidade inocente?
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