Sinopse: Trinta e dois anos se passaram desde a derrota inicial dos Invasores. O A.E.G.I.S está praticamente desmontado agora e se tornou uma organização clandestina composta por apenas alguns Guardiões do Portão para salvar a humanidade. Um dos membros, Ayane Isuzu, está cansado da sociedade como um todo, embora ela continue a derrotar os Invasores por despeito por seu pai. De repente, ela descobre o renascimento de Machine General e Devil Count , mas uma misteriosa garota fantasma agora os acompanha. Cabe a Ayane e os remanescentes da A.E.G.I.S detê-los e salvar a humanidade mais uma vez.
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