Sinopse: O estudante do ensino médio e jogador Suigin Riku frequenta a prestigiada Academia Privada Shinryou, uma escola para a elite e os filhos dos ricos. Mas rico ou rico não são palavras que descrevem Suigin; de fato, ele é pobre em terra e deve trabalhar em muitos empregos de meio período para pagar sua mensalidade. Durante um desses trabalhos, ele mergulha em uma piscina para salvar seu gato de estimação, ciente de que não sabe nadar. Felizmente, ele é salvo por Rei Riku, a filha bonita e popular de um desenvolvedor de jogos, e ele se apaixona por ela.
Ele também é atraído por outra garota: um novo amigo que ele conhece no Dungeon Century, seu RPG online favorito. Mas quando o jogo está programado para terminar, ele sabe que suas aventuras com ela logo terminarão. No entanto, no dia seguinte ao encerramento do jogo, ele descobre que Rei e a garota on-line são a mesma coisa. Logo depois, Rei dá a Suigin um novo jogo destinado a substituir o Dungeon Century - um jogo de invasão de tumbas chamado Grave Buster. Mas quando Rei é subitamente sequestrado, Suigin é puxada para dentro de Grave Buster para salvá-la.
Gin no Guardian segue Suigin enquanto ele joga com Grave Buster para salvar Rei, enquanto descobre os segredos escondidos dentro do jogo.
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