Sinopse: Gintoki e seus amigos Yorozuya (ou melhor, funcionários sofrendo violações trabalhistas), Shinpachi e Kagura, continuam passando pela cidade futurista de Edo, infestada de alienígenas. Eles assumem o trabalho que podem encontrar enquanto tentam não se envolver em algo muito perigoso. Mas quando Katsura, o líder dos rebeldes Joui e conhecido de longa data de Gintoki, desaparece após ser brutalmente atacado por um assassino desconhecido, Shinpachi e Kagura começam uma investigação sobre seu paradeiro e a identidade do agressor. Enquanto isso, Gintoki assume um trabalho aparentemente não relacionado: o ferreiro Tetsuya pede que Gin recupere uma espada estranha e poderosa chamada Benizakura, que foi roubada recentemente.
À medida que as duas investigações se cruzam gradualmente, a equipe de Yorozuya se encontra no meio de uma grande conspiração que depende da natureza sinistra da espada Benizakura. Gintoki resolve levar a luta diretamente para o quartel-general inimigo e, junto com alguns aliados inesperados, inicia um de seus trabalhos mais perigosos até o momento.
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