Sinopse: Cem anos depois que mudanças catastróficas nas placas tectônicas fizeram com que grande parte de sua área submergisse, o Japão agora vive como uma nação marítima. Cidades de alto funcionamento alinham-se nas costas do Japão e rotas marítimas bem desenvolvidas são defendidas por navios navais especializados. A indústria marinha está florescendo e as meninas estão ansiosas para se juntar às Sereias Azuis - mulheres altamente qualificadas que dedicam suas vidas à proteção dos mares.
Depois de um tempo separados, os amigos de infância Akeno Misaki e Moeka China se reúnem na Marine High School de Yokosuka Girls. Aqui eles se juntam a outros que compartilham seu sonho de se tornar sereias azuis. Logo, começam os exercícios de treinamento, com Akeno e Moeka sendo encarregados de seus próprios navios e tripulação. Tudo está progredindo sem problemas para Akeno, enquanto ela assume seu papel de capitã e constrói camaradagem entre seus companheiros de tripulação a bordo do Harekaze, um navio destruidor. No entanto, falhas inesperadas de motor e navegação logo deixam seu navio preso e a tripulação em perigo.
A Frota da High School segue a valente tripulação do Harakaze enquanto eles navegam em águas traiçoeiras e outros obstáculos em sua busca para se tornarem Sereias Azuis em pleno desenvolvimento.