Sinopse: Três anos depois do início da guerra, Mahito Maki perde a mãe num trágico incêndio no hospital. Pouco tempo depois, seu pai se casa com Natsuko, a irmã mais nova da mãe de Mahito. Eles levam Mahito para fora de Tóquio para buscar refúgio na casa rural da família de sua falecida mãe. Lá, Mahito é constantemente provocado por uma estranha garça cinzenta, que parece ter se interessado por ele.
Incapaz de aceitar a perda e lutando para se adaptar a uma nova vida em um lugar desconhecido, o menino fica chocado ao descobrir que Natsuko está grávida. Para piorar a situação, a garça irritante pode falar – e afirma que a mãe de Mahito ainda está viva. Atraindo-o para uma torre misteriosa perto da residência, a garça diz que Mahito pode salvá-la da morte, mas o menino não se deixa influenciar facilmente.
Um dia, quando Natsuko desaparece, Mahito a observa entrar na torre e é obrigado a se aventurar para resgatá-la. Ele logo se vê caindo em outro mundo abaixo do seu, onde a vida e a morte parecem estar entrelaçadas. Enquanto navega por este reino estrangeiro para encontrar Natsuko, Mahito deve entender o que significa viver se quiser voltar para casa em segurança.