Sinopse: A história do anime se passa em 2027, um ano após o final da quarta guerra não nuclear. New Port City ainda está sofrendo com as consequências da guerra, quando sofre um bombardeio causado por uma mina automotora. Então, um membro militar implicado em subornos por tráfico de armas é morto a tiros.
Durante a investigação, Daisuke Aramaki, da Seção de Segurança Pública, encontra Motoko Kusanagi, o hacker ciborgue designado para a 501ª Unidade Secreta das forças armadas. Batou, um homem com o "olho que não dorme", suspeita que Kusanagi é quem está por trás do atentado. O detetive da polícia da província de Niihama, Togusa, está investigando seus dois casos de morte a tiros e assassinato de uma prostituta. Motoko está sendo observada pelo chefe da 501ª Unidade Secreta Kurutsu e agentes ciborgues.