Sinopse: No início do século XXI, a magia, que há muito se pensa ser folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. Na First High School, a instituição para mágicos, os alunos são segregados em dois grupos com base em suas notas no exame de admissão: "Blooms", aqueles que recebem notas altas, são atribuídos ao Primeiro Curso, enquanto "Weeds" são estudantes de reserva designados para o Segundo Curso. Mahouka Koukou no Rettousei segue os irmãos Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados na Primeira Escola Secundária. Ao fazer o exame, o prodigioso Miyuki é colocado no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é relegado ao Segundo Curso. Embora suas pontuações nos testes práticos e o status de "Erva daninha" mostrem que ele é magicamente inepto, ele possui conhecimentos técnicos extraordinários, capacidades de combate físico e técnicas mágicas únicas - tornando Tatsuya o irregular em uma escola de magia.