Sinopse: O My-Otome Zwei ocorre um ano após os eventos do My-Otome. Arika agora é uma Otome de pleno direito e Nagi é encarcerado em uma prisão em algum lugar de Áries. As várias nações estão em paz umas com as outras e planejam manter o S.O.L.T. (Palestras estratégicas sobre limitação da Otome) para discutir a limitação dos números da Otome.
Uma missão para destruir um meteoro que ameaça colidir com Earl põe em movimento uma cadeia de eventos que resultam em uma figura sombria misteriosa atacando Garderobe e vários Otome, além de uma nova e mais poderosa versão do Escravo aparecendo em todo o planeta. Para piorar a situação, a rainha Mashiro desaparece após uma discussão com Arika. A série segue a busca de Arika por Mashiro, bem como as tentativas de Garderobe de descobrir a verdade por trás da figura sombria.
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