Sinopse: No Japão feudal, o povo de Edo está sitiado por insetos gigantes que assolam a terra. O povo desesperadamente pede ao governo que faça algo a respeito. Assim, o Gabinete do Magistrado de Insetos é estabelecido, reunindo fortes guerreiros para se defender contra o aparecimento de pragas. Mushibugyou segue Jinbee Tsukishima, um jovem que se esforça para ser um mestre espadachim como seu pai. Para reparar um incidente horrível que ocorreu por sua culpa, Jinbee procura tomar o lugar de seu pai como membro do Departamento de Magistrados de Insetos. Em sua jornada para lá, ele conhece a adorável Haru, uma jovem mulher que ajuda a administrar a casa de chá de sua família, e é forçado a usar sua espada para salvá-la de um destino terrível. Esse ato de bravura que lhe rende um lugar no magistrado de insetos. Será que este exterminador novato será capaz de livrar a terra da horda de insetos que pululam?