Sinopse: Ren Amamiya, um novo estudante transferido da Academia Shujin, é enviado a Tóquio para morar com seu amigo da família Sojiro Sakura, depois de ser colocado em liberdade condicional por defender uma mulher de um ataque sexual. Enquanto estava no caminho para assistir seu primeiro dia em sua nova escola, Ren nota que um aplicativo estranho apareceu em seu telefone, transferindo-o para um mundo conhecido como Metaverso, que contém as "sombras" das pessoas: representações distorcidas de seus verdadeiros egos. No Metaverso, ele desperta sua Persona, um poder profundo que lhe dá força para combater as sombras. Com a ajuda de estudantes com problemas semelhantes, ele forma os Ladrões Fantasmas de Corações, tentando salvar as pessoas de seus desejos pecaminosos "levando seu coração", fazendo com que os malfeitores se arrependam de suas ações e vire uma nova folha. A reputação do grupo continua a crescer de forma explosiva, trazendo fama positiva e negativa.
No entanto, durante o auge de sua popularidade, Ren é capturado e levado em custódia. Aqui, ele acorda com um interrogatório severo, mas isso é interrompido pela chegada de Sae Niijima - um promotor em busca de respostas. Como ela reagirá à história dele e o que acontecerá com os ladrões fantasmas?