Sinopse: Yumi Ikoma e Ryou Masaoka são crianças que foram selecionadas para participar de uma missão ultra secreta, para serem os pilotos das primeiras unidades de combate da Fafner; a última chance de sobrevivência para a raça humana. O inimigo é implacável, sem remorsos e é capaz de ler a mente dos humanos. Portanto, os detalhes desta missão são mantidos em segredo, mesmo do pessoal envolvido. Os jovens pilotos devem usar toda a sua coragem e fé para sobreviver e completar sua missão, ou o destino da humanidade será comprometido.
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