Sinopse: Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano restante no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado à sede da Nerv, uma organização subterrânea liderada por seu pai, Gendou. Ele pede que Shinji se torne piloto de um "Evangelion", um andróide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana remanescente.
Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela idéia de se reconciliar com seu pai, e concorda em ajudar no empreendimento perigoso da humanidade contra sua ameaça alienígena, como piloto da Evangelion Unit-01. Empurrado no meio de um campo de batalha perigoso, Shinji deve encontrar a coragem necessária e resolver enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.